Los escenarios multinivel son una característica de la jugabilidad, que hace referencia a las transiciones desde un escenario a otro distinto (Mortal Kombat 3, Ultimate Mortal Kombat 3, Mortal Kombat Trilogy), o al pasar de un nivel a otro dentro de un mismo escenario (Mortal Kombat Deception, Mortal Kombat Unchained, Mortal Kombat Armageddon, Mortal Kombat vs DC Universe). En un inicio como complemento estético de cada kombate, con el tiempo el multinivel se utilizó con otras características (armas de escenario, Death Trap, Free Fall Kombat, Test your Might) para entregar una experiencia de juego más profunda y/o estratégica.
En Mortal Kombat 3 y Ultimate Mortal Kombat 3, los escenarios Subway, Bank y Soul Chamber disponen de un nivel superior (Street, The Rooftop y Balcony, respectivamente) que pueden ser alcanzados al ejecutar un uppercut durante el kombate y también con un combo que termine en uppercut. El movimiento especial Whirlwind Spin de Kung Lao también tiene el mismo efecto. Sin embargo, al ejecutar un uppercut contra el enemigo derrotado o derrotarlo con un uppercut no cambiará el escenario. En Mortal Kombat Trilogy se agregó un tercer nivel adicional para Goro's Lair (Armory, Kombat Tomb) en el port del mencionado título para Nintendo 64. Existe una breve referencia a esta característica aparece como referencia en la película Mortal Kombat Annihilation, durante la pelea de Raiden contra los ninjas raptor. The Pit Bottom es una expansión de The Pit, pero suelen ser presentados como escenarios independientes.
En Mortal Kombat Deception, Mortal Kombat Unchained y Mortal Kombat Armageddon, ciertos escenarios fueron expandidos para disponer de un nivel adicional, a veces más de uno. El acceso a este nivel adicional está en un lugar específico del escenario delimitado por un marcador amarillo, y solo se requiere arrojar al enemigo con ataque lo suficientemente fuerte para alcanzarlo. Llegar a estos niveles adicionales también permite llegar a Death Traps o armas que al principio no estaban al alcance del jugador.
El título Mortal Kombat vs DC Universe presenta dos tipos de jugadas que pueden realizarse durante las transiciones entre niveles de escenarios: Free Fall Kombat y una variación del Test your Might, ambos incluidos como minijuegos implementados con Quick Time Events para continuar atacando incluso en el mencionado momento del kombate.